我公司替供货商支付了运费，运输发票是开给我们。
供货方开给我司增值税发票（按实际金额）开的，但是我公司准备在付这笔货款的时候扣去运费，请问这样行吗，如果行的话，如何会计处理？

可以这样处理，支付这笔货款时扣除运费。即：
1、支付代垫的运费时
借：其他应收款--代垫运费
贷：现金（或银行存款）

2、支付供货商货款时
借：原材料
借：应交税金--增值税（进项税额）
贷：其他应收款--代垫运费
贷：现金（或银行存款）