由于业务员失误对方未抵扣，增值税发票超过90天，对方退回，退回可以开红字发票吗？ 有什么文件规定，可以怎么处理？

不能再开负数发票的。
根据《国家税务总局关于修订《增值税专用发票使用规定》的通知》国税发[2006]156号 第14条的规定： 一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》，《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。
注意这里强调的是对应蓝字发票必须经过认证，由于已经超过90天不能再认证，所以，税务机关不能出具《开具红字增值税专用发票申请单》，你单位也不能再开负数发票，否则要按未按规定开具发票进行处理。
税务总局这么规定也是促使企业尽早认证进项票，避免在稽核系统中形成大量的滞留票。