我们是刚成立的企业，营业执照等资料都是请代办公司给代办的。注册资本50万是他们垫付的，办完所有证件后他们又通过我厂的基本帐户开支票取走了此笔款，请问在帐务上我该如何处理呢？

这种情况属于抽逃资金，只能挂帐处理。即：
1、增值时
借：银行存款 50万
贷：实收资本 50万
2、取走资金
借：其他应收款 50万
贷：银行存款 50万
3、有钱时，在减少应收款。