发票的类型不同，抵扣方式也不一样，应当分开核算。
小规模单位通过税务部门代开的增值税发票是可以抵扣的，抵扣额是发票上注明的增值税额；货物运输发票也是可以抵扣的，按运费的7%计算抵扣。因为它们分属于
1、取得增值税专用发票（包括代开）的，入账方式相同：
即：借：原材料
应交税金—应交增值税（进项税额）
贷：银行存款（应付账款等）
2、取得符合条件的货物运输发票，按7%计算抵扣
借：销售费用--运费 （运费票据金额-运费*7%）
应交税金--增值税（进项税） ---(运费*7%)
贷：现金（银行存款）
注意：
增值税一般纳税人外购或销售货物（固定资产除外）所支付的运输费用（代垫运费除外），根据运费结算单据（普通发票）所列运费金额，依10％的扣除率计算进项税额准予扣除。从1998年7月1日起按运费金额的7％扣除率计算进项税额。这里所称的准予抵扣的货物运费金额是指在运输单位开具的货票上注明的运费、建设基金，但不包括随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费，以及从事货物运输的非国有运输单位开具的套印全国统一发票监制章的货票。这里还要说明一点，准予计算进项税额扣除的货运发票种类，不包括增值税一般纳税人取得的货运定额发票。
