银行存款上没钱，不知道公司的注册资金到那里去了，这样导致资产负债表左右两边不相等。
应该如何编这个表？

不知道注册资金哪儿去了?你单位的注册资金很有可能入资后抽走了，你可以向老板确认一下。

如果属于这种情况，只能补作一笔凭证，在其他应收款挂账，有资金时在冲减应收款。
借：其他应收款
贷：银行存款