我公司分别在两个不同银行开立基本户和一般户。现在希望通过一般户，通过银行代发员工工资，不知是否可行？

可以代发。但要有一定手续。因为代发工资视同提取现金，所以一定要在基本户有所体现。可以这样变通：
在你发工资之前三天，把和工资相同金额的资金，从基本户划入一般户。或在当天，从基本户开一张和工资相同金额的银行本票，交到一般户。